黄原胶是一种水溶性生物高分子聚合物，具有类似纤维素的聚β-1，4-吡喃型葡萄糖的主链以及含糖的侧链（如丙酮酸和乙酸基因），其平均分子量在2x106~5x107道尔顿之间。

    黄原胶下脚料大分子的一级结构中，主链β-D葡萄糖经由1，4-键连接，每两个葡萄糖残基环中的一个连接着一条侧链，侧链则是由两个甘露糖盒一个葡萄糖醛酸交替连接而成的三糖基团。与主链直接相连的甘露糖的c6上有一个乙酸基团，末端甘露糖的c4-c6上则有一个丙酮酸。

    黄原胶下脚料生物大分子的聚集态结构：侧链与主链间通过氢键结合形成双螺旋结构，并以多重螺旋聚合体状态存在，正是由于这些多螺旋体次年过程的网络结构，使黄原胶下脚料具有良好的控制水的流动性质，因而具有很好的增稠性，在制香胶粉的使用中经常加入这种产品，提高其坚挺程度。黄原胶分子中带电荷的三糖侧链围绕主链骨架结构反向缠绕，形成类似棒状的刚性结构。这种有趣的结构一方面使主链免遭酸、碱、生物酶等其它分子的破坏作用，保持黄原胶溶液的粘度不易受酸碱的影响，抗生物降解；另一个方面该结构状态又使其一定浓度的水溶液呈现溶致液晶的现象。